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La Universidad de Alcalá cuenta con 14 Centros de Apoyo a la Investigación, entre los cuales podríamos destacar:
• Centro de Alta Tecnología y Homologación (CATECHOM)
• Planta Piloto de Química Fina
• Centro de Apoyo e Investigación de Medicina Biológica Molecular
• Centro de Apoyo e Investigación Química Inorgánica

La Universidad de Alcalá cuenta también con el Hospital Universitario Príncipe de Asturias en el que se pueden llevar a cabo proyectos relacionados con el desarrollo de nuevos fármacos.